Aureka发布开源AI药物发现模块OpenDDE

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在众多需要付费使用的大型科技公司药物发现AI工具中，一家总部分别位于美国和中国的小型科技生物公司正走出一条不同的路。

位于加利福尼亚州拉古纳希尔斯和上海的Aureka公司，近日发布了开源基础模型"Open Drug Discovery Engine"（OpenDDE）。该公司表示，这一模型"旨在成为下一代药物发现系统的结构推理核心"。

此次发布的目的，是推动生物分子共折叠研究的平民化，使其在蛋白质、核酸、小分子配体及其他分子之间的相互作用建模领域更具可及性。Aureka表示，希望将这项技术"向研究人员、初创企业、学术实验室和跨国公司广泛开放"。

目前，药物发现领域所使用的许多大型AI系统均为闭源模式，即以专有方式运营并持续收取使用费。典型案例包括Insilico Medicine的Pharma.AI、Isomorphic Labs旗下的AlphaFold后继产品IsoDDE，以及Recursion的Boltz-2.1。

Aureka的AI定位为"全原子"平台，即对生物系统中每一个独立原子进行模拟，而非采用简化表征的方式。

目前，OpenDDE已覆盖结构预测、抗体-抗原建模和药物发现研究等功能，Aureka计划进一步扩展其能力，未来将纳入药物分子的从头设计等功能。

扩展功能还包括：对候选药物与靶标之间结合强度的估算，以及构象系综建模——该技术用于模拟蛋白质动态变化的三维结构，有别于传统的"锁钥模型"，有时能揭示隐藏的结合位点。

其他规划中的功能还包括结构条件优化，即利用生成式AI设计与靶标精确契合的候选分子，以及实验反馈回路的建立。

Aureka人工智能研究负责人Will Hua在社交媒体上表示，此次共折叠模块的发布，是Aureka迈向"真正的药物发现引擎"的"第一小步"，而此时正是生物分子基础模型"进入规模化时代"的关键节点。

该公司正将这一AI与高通量自动化湿实验室平台相结合，以构建干湿闭环发现系统，同时也在开发自有的治疗候选管线。

Will Hua补充道："对于Aureka而言，OpenDDE是更大范围的AI原生药物发现基础设施的组成部分，该基础设施涵盖基础模型、算力、分子设计、高通量功能验证、闭环优化以及资产数据室生成。"

"OpenDDE目前还不是一个完整的药物发现引擎，存在一定不足，但它构成了底层基础。通过将生物分子建模与物理湿实验室验证相连接，我们希望使治疗发现变得更具可扩展性、可重复性和可及性。"

Q&A

Q1：OpenDDE是什么？它有哪些功能？

A：OpenDDE全称Open Drug Discovery Engine，是由Aureka公司发布的开源基础AI模型，定位为下一代药物发现系统的结构推理核心。目前已覆盖结构预测、抗体-抗原建模和药物发现研究等功能，未来还计划加入药物分子从头设计、结合强度估算、构象系综建模及生成式AI结构优化等能力。

Q2：OpenDDE和其他药物发现AI相比有什么优势？

A：与Insilico Medicine的Pharma.AI、Isomorphic Labs的IsoDDE、Recursion的Boltz-2.1等闭源收费系统不同，OpenDDE采用开源模式，对研究人员、初创企业、学术实验室和企业均免费开放。此外，它采用"全原子"模拟方式，对生物系统中每一个原子进行建模，相比简化表征方式更为精细。

Q3：Aureka如何将OpenDDE应用于实际药物研发？

A：Aureka将OpenDDE与高通量自动化湿实验室平台结合，构建干湿闭环发现系统，并在此基础上开发自有治疗候选管线。该公司表示，OpenDDE是其AI原生药物发现基础设施的一部分，整体布局涵盖基础模型、算力、分子设计、高通量功能验证及闭环优化等多个环节。